Fanainga se caractérise par une participation égalitaire des représentants des bailleurs et ceux de la société civile dans son organe principal de gouvernance : le comité de pilotage (COPIL).

Le COPIL est donc composé de 8 personnes, à savoir :

• 1 représentant par bailleur : Union Européenne, Coopération Allemande, Gouvernement Princier de Monaco et Ambassade de France
• 4 représentants de la société civile, élus par leurs pairs

Cet organe est en charge de conseiller, orienter et valider les différentes stratégies adoptées par Fanainga pour assurer l’atteinte de ses objectifs. Il définit les grandes lignes de son action, ainsi que ses priorités stratégiques.