Fanainga se caractérise par une participation égalitaire des représentants des bailleurs et ceux de la société civile dans son organe principal de gouvernance : le comité de pilotage (COPIL).

Le COPIL est donc composé de :

• 1 représentant par bailleur : Union Européenne, Coopération Allemande, Agence française de développement, Gouvernement Princier de Monaco et Ambassade de France. Mais l’AFD et l’Ambassade de france compte pour une voix dans les décisions adoptées.
• 1 représentant de la société civile par région d’intervention de Fanainga+, soit 8 représentants, élus par leur pairs

Cet organe est en charge de conseiller, orienter et valider les différentes stratégies adoptées par Fanainga+ pour assurer l’atteinte de ses objectifs. Il définit les grandes lignes de son action, ainsi que ses priorités stratégiques.

Les attributions du COPIL sont les suivantes :

• Approuver le document du projet en commun, ainsi que le budget, sur la base duquel opère Fanainga+
• Définir les orientations et priorités stratégiques et, le cas échéant, adopter des modifications
• Orienter le positionnement stratégique de Fanainga+ vis-à-vis des administrations et institutions malgaches
• Décider des principes de communication, de visibilité et de représentation externe de Fanainga+ et de ses partenaires
• Décider de l’intégration d’un nouveau contributeur au Fonds Commun
• Assurer le suivi de la ligne d’action et de la bonne exécution des fonds de Fanainga+